Нынешнее село Софрино изначально было известно под названием Супонево. Следующее название — Сафарино, село получило от фамилии богатого купца Ивана Сафарина, купившего его в XVI веке. Село было расположено на левом берегу реки Талицы и состояло из деревянной Успенской церкви, окружённой с трёх сторон избами. По восточной окраине села проходила древняя Троицкая дорога в Троице-Сергиеву лавру.
На Талице была устроена плотина с мельницей. Эта плотина была восстановлена в старых габаритах местными жителями в 1968—1969 годах.
В конце 1680-х годов село, находившееся в собственности государева двора, было пожаловано боярину Ф. П. Салтыкову, ставшему царским тестем, его дочь Прасковья вышла замуж за Иоанна Алексеевича.
В 1691—1694 годах на правом крутом берегу, напротив села, Салтыков выстроил двухэтажные палаты. С восточной стороны к ним примыкал домовый храм в честь Смоленской иконы Божией Матери. Вокруг палат был разбит регулярный липовый парк, посажен фруктовый сад и вырыт пруд. Кроме того, были построены ткацкая фабрика, конюшни и дома дворни.
В XVIII веке сафаринские палаты неоднократно служили пристанищем для царственных особ по пути на богомолье в Троице-Сергиеву лавру.
Смоленская церковь и владельческие палаты в 1691–1694 гг. Реконструкция.
Последней владелицей Сафарина была внучка строителя палат, графиня Варвара Николаевна Ягужинская. Она известна тем, что в 1833 году освободила своих крестьян от крепостной зависимости, передав им в пользование свои земли. Могила В. Н. Ягужинской сохранилась в подклете Смоленской церкви.
После смерти Ягужинской палаты постепенно ветшали, сад пришёл в запустение, часть деревьев была вырублена. Палаты были разобраны, а часть кирпича в 1860-х годах пошла на строительство трапезной и колокольни.
Смоленская церковь и палаты. Литография А.А. Мартынова середины 1800-х годов.
В 1902—1905 годах с южной стороны трапезной был выстроен Никольский придел с церковно-приходской школой. Средства для этого были даны московской купчихой Верой Абрамовной Егоровой.
В 1938 году храм был закрыт. Здание использовалось под разные хозяйственные нужды, было доведено до аварийного состояния и стало бесхозным. Некоторые предметы утвари, иконы, а также царские врата XVI века, перенесённые в иконостас Смоленской церкви в 1878 году из разобранной деревянной церкви, были переданы в музей «Коломенское», где хранятся до сих пор.
В 1970-е годы была выполнена реставрация храма. В 1990-х годах были возобновлены церковные службы. Ведутся работы по восстановлению иконостаса в древней части храма.
До наших дней от усадьбы, пережившей в XVIII веке свой расцвет, дошли Смоленская церковь, с пристроенными к ней позже, трапезной и колокольней, пруд и запущенный липовый парк.
